Bireysel Emeklilik Sistemi''nde biriken tasarruflar değişik emeklilik fonlarında değerlendiriliyor. Bu fonlardan elde edilen kazançlar kurum kazancı sayılarak vergiye tabi tutulması gerekirken, BES fonları için bir istisna uygulanıyor.
4697 sayılı kanunda yapılan düzenleme ile bu kazançlar vergilemenin dışında tutuldu. Kurumlar Vergisi Kanunu''nun 5. Maddesi''nde istisnalar sayılırken ''Emeklilik Yatırım Fonları''nın kazançları da istisna maddeleri arasında yer aldı. Bu durumda hem kurumlar vergisi açısından hem de gelir vergisi kesintisi açısından bu fonlar istisna sayılmış oldu.
Ücretli olarak çalışanlar açısından da BES''e ödenen katkı payları vergi indirimine konu olabiliyor. Ücretli çalışanlar brüt ücretlerinin yüzde 15''''ini, brüt asgari ücretin yıllık tutarını ( 2022 yılı için 60.048 TL) aşmayacak şekilde gelir vergisi indirimine tabi tutabiliyor.
Gelirini yıllık olarak beyan edenler de yine yıllık gelirinin yüzde 15''i kadarını katkı payı olarak ödediklerinde 60 bin 48 lirayı geçmeyecek şekilde indirim konusu yapabiliyor. Yine benzer şekilde işverenler çalışanları adına katkı payı ödüyorsa bu ödemeleri, yıllık gelirin yüzde 15''ini 60 bin 48 lirayı aşmayacak şekilde gelir vergisi matrahından indirebiliyor. Bunun dışında sistemden ayrılırken toplu para ya da emeklilik maaşı ödemesi sırasında da bazı vergi avantajları sunuluyor.